이 사건은 해양수산부 직원이었던 이대준씨가 서해 북단 소연평도 해상에서 근무하던 2020년 9월21일 서해 해역에서 실종됐다 이튿날인 22일 북한군 총격에 숨진 뒤 불태워진 사건이다.
문재인 정부는 당시 군 당국의 첩보와 이씨에게 도박 빚이 있다는 점을 바탕으로 이씨가 자진 월북했다 변을 당했다고 발표했다. 하지만 윤석열 정부가 이를 뒤집으면서 정쟁으로 떠올랐다.
검찰은 서 전 장관을 상대로 자진 월북 발표 등과 관련해 청와대 외교·안보 라인의 의사소통 과정 등을 물을 것으로 보인다.
검찰은 이 밖에 대통령기록관에도 압수수색을 진행하고 있다. 고인이 피격된 시점부터 일정 기간 동안 작성된 대통령기록물 정보 목록을 확보하는 절차로 알려졌다.
서 전 장관은 앞서 올해 7월 이씨의 유족으로부터 직권남용 등 혐의로 고발됐다.
이씨 유족은 “2020년 9월23일 새벽 1시께 박지원 전 국가정보원장, 서 전 장관, 서훈 전 국가안보실장, 노영민 전 대통령비서실장, 이인영 전 통일부 장관이 모여 진행한 국가안전보장회의(NSC)와 같은 날 오전 10시께 군사통합정보처리체계에 올라온 고인의 사망 관련 군사기밀이 삭제된 혐의로 고발한다”고 말했다.