최 원장은 7월29일 국회 법제사법위원회(법사위)에서 “감사원은 대통령의 국정운영을 지원하는 기관이라고 생각한다”고 말해 조정훈 시대전환 의원으로부터 질타를 받았다. 이 발언이 있은 뒤 8월3일 조정훈, 용혜인 의원과 민주당 의원들이 ‘최재해 감사춴장 사퇴촉구 발의안’을 발의하기도 했다.
감사원이 감사를 시작한 시점도 중립성을 의심케 한다는 지적이 나온다.
권칠승 민주당 의원은 7월29일 국회 법사위 회의에서 “국방부, 해양경찰청 등에 대한 감사는 윤석열 대통령이 서해공무원 피격사건 추가 조사가 필요하다고 발언한 4시간 뒤에 착수됐다”며 “대통령의 발언과 감사는 무관하나”고 따져 물었다.
최 원장은 “대통령님의 발언과 관계없이 저희가 판단했다”고 대답했다.
그러자 권 의원은 “권익위 감사는 7월27일 국회 정무위원회에서 윤핵관으로 분류되는 의원이 권익위 감사를 의뢰하겠다고 발언하자 28일에 이뤄졌고 (감사원이) 한국개발연구원(KDI)에 감사에 필요한 자료를 요구한 것은 6월27일인데 다음날 한덕수 국무총리가 홍장표 원장의 사퇴를 언급했다”며 “세 건이 다 우연일 수가 있나”라고 꼬집었다.
최 원장이 지난 6월 감사원 사무총장으로 유병호 전 감사연구원장을 임명한 점도 중립성 논란을 자초했다는 시각이 많다. 유 사무총장은 문재인정부 월성 원전 1호기 조기 폐쇄 감사를 이끌다 감사연구원장으로 밀려난 바 있다.
유 사무총장은 22일 국회 법사위에서 “문재인 정부에서 ‘너저분한’ 압력이 있었다”며 지난 정부를 향한 불편한 감정을 숨기지 않았다.
최 원장은 지난 3월 감사위원 제청권을 두고 신·구 정권이 충돌하자 “현 정부와 새 정부가 협의되는 경우에 (감사위원) 제청권을 행사하는 것이 적절하다”는 의견을 대통령직 인수위원회에 전달했다. 사실상 새로 출범하는 윤석열 정부의 손을 들어준 것으로 해석된다.
감사원의 감사 결과가 윤석열정부의 사정정국에 활용되는 게 아니냐는 의심의 시선도 존재한다. 검찰 수사에 앞서 감사원이 사안의 문제점을 발견하고 경중을 가려내는 ‘사전작업’을 한다는 것이다.
박범계 민주당 의원은 7월13일 감사원을 항의 방문해 “감사원이 감사에 착수하고 기관 고발이나 수사 의뢰를 통해 검찰에 넘어가면 검찰이 수사하는 ‘패턴화된 협업체계’가 만들어지는 거 아니냐는 우려가 있다”고 말하기도 했다.