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[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 

KAIST 물리학 테뉴어 교수 출신, PPI 분석플랫폼 통해 신약개발 게임체인저로 부상 [2025년]
김동호 기자 qanda@businesspost.co.kr 2025-10-30 07:00:00
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생애
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 프로티나 대표이사.

윤태영은 프로티나의 대표이사다.

미국시장 진출과 자체 진단 서비스 모델을 통한 안정적 매출 확보에 주력하고 있다.

1976년 2월5일 태어났다.

서울대학교에서 전기전자제어공학을 전공하고 서울대학교 대학원에서 전기공학 석사학위와 박사학위를 받았다.

서울대학교에서 반도체공동연구소 연구원, 미국 일리노이주립대학교에서 하워즈휴즈의학연구소 박사후 연구원으로 근무했다.

한국과학기술원에서 물리학과 교수로 재직하면서 2015년 프로티나를 설립해 체내 단백질 상호작용을 분석하는 빅데이터 사업을 시작했다.

연세대학교를 거쳐 서울대학교에서 생명과학부 교수로 재직하고 있다.

한국연구재단의 창의적연구진흥사업 연구단장, 삼성미래기술육성재단의 기초과학부문 물리분야 연구책임자로 활동했다.

경영활동의 공과
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 서울대학교 생명과학부 교수(프로티나 대표이사)가 2022년 11월9일 한림원회관에서 열린 '생명과학자의 공간' 행사에서 발언하고 있다. <한국과학기술한림원 유튜브 갈무리>
△프로티나의 사업
프로티나는 단백질 간 상호작용(PPI, Protein-Protein Interaction)을 관측·분석하는 단백질 빅데이터 회사다.

자체 개발한 ‘SPID’ 플랫폼 기술을 활용해 후보물질 발굴부터 임상검증까지 신약개발 전주기에 활용되는 단백질 상호작용 분석 사업을 펼치고 있다.

단백질은 대사조절, 신호전달, 면역반응 등 세포 내에서 발생하는 대부분의 생물학적 과정에 관여한다. 이러한 기능은 단백질 간 상호작용(PPI)를 통해 수행된다.

PPI는 세포 내 신호 네트워크를 구성하는데 이것이 무너지거나 특정 PPI가 비정상적으로 변형되면 암, 신경계 질환, 자가면역질환 등 다양한 질병이 발생할 수 있다. 이에 PPI 분석은 질병 원인을 규명하고 치료법을 수립하는 데 중요한 역할을 한다.

프로티나의 SPID(Single molecule Protein Interaction Detection)는 단일 분자 수준에서 PPI를 직접 관측하고 정량화할 수 있는 플랫폼이다. 단백질 간 신호전달과 생리적 반응을 분석해 질병의 원인을 규명하고 표적 단백질의 기능 조절을 통해 신약 후보물질을 발굴하는 데 활용된다.

프로티나는 SPID 플랫폼을 기반으로 SPID 플랫폼 시스템, PPI PathFinder, PPI Landscape 등 3개 제품군을 상용화했다.

SPID 플랫폼 시스템은 단백질 간 상호작용을 단일 분자 수준에서 정밀하고 빠르게 측정할 수 있는 분석 장비다. PPI PathFinder는 단백질 상호작용 정보를 기반으로 약물 작용기전과 반응성을 분석하고 질병 바이오마커를 개발하는 솔루션이며 PPI Landscape는 항체 서열을 최적화하고 신규 항체를 설계할 수 있는 항체 디자인 및 빅데이터 생성 솔루션이다.

△프로티나의 지배구조
프로티나는 2025년 6월30일 기준 종속회사 없이 단일 사업체로 운영되고 있다.

윤태영은 2025년 6월30일 기준 프로티나 주식 195만9150주(21.2%)를 들고 있는 최대 주주다. 특수관계인 8인과 합쳐 지분 26.86%로 프로티나를 지배하고 있다.

특수관계인 가운데 윤태영의 부모인 윤용웅씨와 유은선씨가 각각 3만8천 주(0.41%), 1만6890주(0.18%)를 보유하고 있으며 동생 윤소영씨가 7만6천 주(0.82%)를 갖고 있다. 또 윤태영의 배우자인 김여정씨, 장모인 유호덕씨가 각각 9만1200주(0.99%), 2만2800주(0.25%)를 보유하고 있다. 그 외 특수관게인은 프로티나의 임원이다.

이사회는 사내이사 5명, 사외이사 2명, 기타비상무이사 2명 등 총 9명으로 구성됐다.

윤태영을 포함해 이홍원 연구개발총괄 상무, 최병산 연구개발 이사, 류지영 생산품질총괄 이사, 이대승 재무이사 등이 사내이사 명단에 이름을 올리고 있다.

사외이사는 하택집 하버드대학교 의과대학 교수와 박용호 워싱턴주립대학교ㆍ미시시피주립대학교 명예교수가 맡고 있다. 이상훈 케이넷투자파트너스 상무, 오승윤 엘비인베스트먼트 심사역 겸 상무가 기타비상무이사로 있다.

이사회 내 별도의 위원회는 두고 있지 않으며 윤주환 김앤장 법률사무소 회계사가 감사 업무를 수행하고 있다.

[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 프로티나의 실적 <그래프 비즈니스포스트>
△분석 장비 수요 증가로 매출 성장, 적자는 지속돼
프로티나는 2025년 상반기 매출 20억 원, 영업손실 39억 원, 순손실 34억 원을 기록했다. 전년도 같은 기간과 견줘 매출이 165.3% 증가했다. 영업손실도 9% 줄었으나 순손실은 오히려 40.9% 늘었다.

2024년 출시한 PPI Landscape 매출이 새롭게 발생한 가운데 분석 장비 SPID 플랫폼 시스템 매출이 급등했고 PPI PathFinder 매출은 전년 대비 다소 위축된 모습이다.

구체적 매출 현황을 보면 PPI PathFinder 매출 3억 원(18.92%), PPI Landscape 매출 1억 원(6.42%), SPID 플랫폼 시스템 매출 15억 원(74.66%)을 각각 록했다.

경상연구개발비로 전년 대비 15.5% 높은 27억 원을 투입했음에도 영업손실이 감소했다.

프로티나는 PPI PathFinder 및 PPI Landscape 고객사 증가에 힘입어 매출 규모가 점진적으로 증가할 것으로 기대하고 있다. 또 연구개발비 등으로 2026년까지 영업손실이 지속될 것이나 2027년부터 흑자전환이 가능할 것으로 내다보고 있다.

가이던스로는 2027년 매출 322억 원, 영업이익 99억 원, 순이익 88억 원을 제시했다.

△미국 다국적 제약사와 12억 규모 임상검체 분석 계약 체결
프로티나가 2025년 9월 미국 다국적 제약사와 약 12억 규모의 임상검체 분석 서비스 공급계약을 체결했다.

이번 계약은 프로티나의 PPI PathFinder를 활용해 임상검체를 분석하는 서비스 공급에 관한 것이다. PPI PathFinder는 SPID 플랫폼을 기반으로 약물 작용기전과 반응성을 분석하고 질병 바이오마커를 개발하는 솔루션이다.

계약기간은 2025년 9월11일부터 2028년 12월31일 까지다. 프로티나는 서비스가 단계적으로 진행되는 동안 수 회에 걸쳐 대금을 지급받기로 했다.

계약 금액은 총 11억7495만 원으로 프로티나의 2024년 매출 23억72만 원의 51.06%에 달하는 규모다.

△코스닥 상장
프로티나가 2025년 7월29일 코스닥 시장에 입성했다.

이날 프로티나 주가는 공모가(1만4천 원) 대비 69.6% 높은 2만3750원에서 출발해 장초반 2만5350원까지 상승한 뒤 하락세로 전환하면서 1만7550원으로 거래를 마쳤다.

앞서 프로티나는 2025년 7월8~14일 진행된 기관투자자 대상 수요예측에서 경쟁률 1199.2대 1을 기록하면서 희망공모가 밴드(1만1천 원~1만4천 원) 상단에 공모가를 확정했다.

이어 2025년 7월18~21일 진행된 일반 공모청약에서는 1797.61대 1의 경쟁률을 나타냈고 증거금 약 4조7187억 원을 모았다.

프로티나는 공모를 통해 확보한 자금을 시설 및 장비투자, 기술 적용확대 및 연구개발, 사업개발 조직확장 및 미국 사무소 운영비 등에 사용한다는 계획을 갖고 있다.

구체적으로는 시설 및 장비 투자에 약 52억 원을 투입한다. 프로티나는 미국 실험실표준인증연구실(CLIA lab)을 인수해 미국 내 진단 서비스 거점을 구축할 계획이며 Pi-Chip 생산 자동화 설비를 구축해 생산 효율성을 높이고 서비스 수행조직을 확대해 검체 분석 능력을 강화할 방침이다.

연구개발(R&D) 부문에는 약 73억 원을 투입한다. 신규 바이오마커 발굴, 항체 개량 서비스 기술 고도화, 바이오베터(개량생물의약품) 항체 신약 개발 등 SPID 플랫폼 기술의 적용 확대를 추진하는 동시에 반응칩 제품화 및 성능 개선, 이미징 장비 안정화 등 SPID 플랫폼 시스템 제품개발 연구도 병행한다.

이와 함께 사업개발 조직 확장 및 미국 보스턴 사무소 운영에 약 36억 원을 투입한다. 글로벌 바이오산업의 중심지인 미국 보스턴에 사무소를 설립해 현지 제약사 및 바이오테크 기업을 대상으로 임상 바이오마커 분석 서비스, 항체 최적화 서비스, 항체 신약 공동개발 프로젝트를 확대키로 계획을 세웠다.

[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 프로티나 대표이사(가운데)가 2025년 7월29일 프로티나 코스닥 신규상장 기념식에서 상장기념패를 전달받고 기념촬영을 하고 있다. <한국거래소>
△미국 AACR에서 베네토클락스 반응성 예측 모델 공개
프로티나가 2025년 4월25~30일 미국 시카고에서 열린 ‘2025 미국암연구학회(AACR)’ 연례학술대회에서 급성 골수성 백혈병(AML) 환자들을 위한 베네토클락스(Venetoclax) 반응성 예측 모델을 공개했다.

베네토클락스는 미국 제약사 애브비(AbbVie)가 개발한 백혈병 치료제다. BCL-2 단백질을 선택적으로 억제하는 방식으로 작용한다.

이번 모델은 베네토클락스와 저메틸화제제(HMA)를 병용 투여받는 급성 골수성 백혈병 환자의 치료 효과를 사전에 예측할 수 있도록 설계됐다.

기존에는 베네토클락스 기반 치료의 반응성을 예측할 수 있는 바이오 마커가 없어 어떤 환자가 약물에 잘 반응할지 판단하기 어려웠다.

프로티나는 베네토클락스가 직접 표적으로 삼는 BCL-2 계열 단백질 간의 상호작용에 주목했다. 이를 위해 자체 개발한 SPID 플랫폼을 활용해 급성골수성백혈병 환자 샘플에서 21개의 단백질 상호작용 바이오 마커를 발굴했다.

총 47명의 급성골수성백혈병 환자를 대상으로 베네토클락스의 치료 반응을 평가했고 머신러닝 알고리즘인 XGBoost를 활용해 치료 효과를 예측하는 인공지능 모델을 구축했다. 프로티나에 따르면 해당 모델은 치료에 반응하는 환자군과 반응하지 않는 환자군을 정확히 구분했으며 민감도 87%, 특이도 92%, 전체 정확도(AUC) 0.931로 높은 예측 성능을 보였다.

프로티나 쪽은 “베네토클락스 및 차세대 BCL-2 억제제의 치료 효과를 극대화하기 위해서는 맞춤형 바이오 마커의 활용이 필수적”이라며 “이런 미충족 수요를 채우기 위해 이번 글로벌 임상검증을 바탕으로 2026년 예측모델을 진단제품으로 상용화할 예정”이라고 밝혔다.

△JW중외제약과 항암제 바이오마커 개발계약 체결
프로티나가 2024년 11월 JW중외제약과 저분자 STAT3 저해제 ‘JW2286’의 임상시험을 위한 바이오마커 개발 계약을 체결했다.

JW2286은 JW중외제약이 개발 중인 항암제다. STAT3 단백질을 타깃으로 하며 삼중음성 유방암, 위암 등 고형암 치료를 목적으로 한다.

STAT3는 주로 악성 종양 환자에서 과발현되는 단백질이다. STAT3 단백질을 억제함으로써 암세포의 증식을 저해할 수 있을 것으로 보고있다.

이번 계약으로 프로티나는 JW2286의 효능을 다각적으로 분석할 수 있는 분석법 및 바이오마커를 개발·공급하게 됐다.

프로티나 쪽은 “JW중외제약과의 협력에 이어 새로운 바이오마커를 지속적으로 개발해 다양한 암 유형으로 이를 확대할 예정”이라며 “이를 통해 항암제 개발과 같은 정밀의료 분야에서 약물의 반응성을 사전에 평가해 임상시험 효율성 및 성공률을 높이고 환자에게 보다 최적화된 맞춤형 치료를 제공할 것”이라고 밝혔다.

△다안바이오테라퓨틱스와 TCR 치료제 개발 협력
프로티나가 2024년 10월8일 항체치료제 회사 다안바이오테라퓨틱스와 연구개발 협력을 위한 상호협력 협약(MOU)을 체결했다. 양사는 T세포 수용체(TCR) 치료제 개발 및 최적화 등에 협력하기로 했다.

다안바이오테라퓨틱스는 조병철 연세대학교 암병원 폐암센터장이 2020년 창업한 바이오 전문 회사다. TCR을 활용한 면역세포치료제 ‘DN-101’ 등의 파이프라인을 보유하고 있다.

이번 협약으로 프로티나는 SPID 플랫폼 기반의 ‘PPI Landscape’ 솔루션의 상용화를 개시했다.

SPID 플랫폼은 프로티나의 단백질 분석 플랫폼 기술이다. 프로티나에 따르면 SPID 플랫폼은 기존 분석 기법 대비 적은 양의 시료에 대해 별도 정제과정 없이도 고해상도 결합 친화도 데이터 제공을 가능하게 해주며 항체 라이브러리 고속 스크리닝 및 친화도 측정을 통해 항체 발굴, 친화도 성숙, 치료제 개발 등에도 적용될 수 있다.

윤태영은 “기존 글로벌 제약사에서 좋은 반응을 받았던 PPI PathFinder 솔루션에 이어 2024년 상반기 출시한 PPI Landscape 솔루션이 국내외 많은 기업들의 관심을 받고 있어 기쁘다”며 “현재 다수 국내외 기업과 협력 방안을 논의하고 있으며 2024년 내 계약으로 연결될 수 있도록 회사 차원에서 많은 노력을 기울이고 있다”고 말했다.

△프로티나 창업
프로티나는 윤태영의 학문적 연구에서 출발했다.

윤태영은 서울대학교 생명과학부 교수이자 KAIST(한국과학기술원)에서 연구활동을 해 온 생명과학자다. 단백질 하나의 기능보다 단백질 간 상호작용(PPI)이 질병의 발병과 약물 반응을 더 정확히 설명할 수 있다는 점에 주목했다.

당시 PPI를 정량적으로 분석할 수 있는 기술은 미비했다. DNA 시퀀싱 기술은 빠르게 발전하고 있었지만 단백질 수준에서의 상호작용을 정밀하게 관찰·측정하는 방법은 상용화 단계에 이르지 못했다.

윤태영은 이를 해결하는 것이 신약개발의 새로운 가능성을 열 수 있다고 보고 직접 해결책을 모색하기 시작했다.

전기공학을 전공해 서울대학교에서 액정 디스플레이를 연구하며 다양한 기술 분야를 접한 경험을 바탕으로 PPI를 단일 분자 수준에서 정량적으로 분석할 수 있는 플랫폼 개발에 착수했다. 이후 PPI 분석의 상업적 가능성을 확신하고 2015년 KAIST(한국과학기술원) 교수창업 형태로 프로티나를 설립했다.

삼성전자의 미래기술육성사업 지원으로 연구기반을 다졌으며 이를 바탕으로 SPID 플랫폼을 완성했다. SPID는 PPI 정량적으로 분석할 수 있을 뿐 아니라 질병기전을 밝히고 신약 후보물질을 탐색하는 데 활용될 수 있다.

윤태영은 이후 SPID를 중심으로 PPI 빅데이터를 축적하고 신약 후보물질 발굴과 약물 반응성 예측, 임상 검체 분석 서비스 등으로 사업 영역을 확장하며 프로티나를 신약개발 플랫폼 회사로 키워냈다.

학문적 이력의 연계 및 융합을 통해 창업에 이른 부분도 독특하다.

윤태영은 전기공학을 전공하고 석박사 학위도 모두 전기공학을 통해 받았다.

서울대학교 반도체 연구소에서 일하다 미국 일리노이대학교 물리학과와 의학연구소에서 박사후과정을 이어갔다.

KAIST(한국과학기술원)에선 물리학과 교수로 테뉴어까지 받았으며 서울대학교 교수로 임용된 곳은 생명과학과였다.

전기공학에서 물리학으로 다시 생명과학으로 연계되는 과정이 이른바 학문적 융합을 보여준 대표적 사례로 평가할만 하다.

△프로티나가 걸어온 길
2015년 윤태영이 KAIST(한국과학기술원) 교수창업으로 프로티나를 설립했다. KAIST(한국과학기술원)의 원천기술 22건을 이전했다.

2016년 시리즈 Pre-A투자로 1억8천 만 원을, 시리즈A 투자로 13억 원을 유치했다.

2017년 기업부설연구소를 설립했다. 산업통상자원부 투자자연계형기술개발사업, 국책과제 소재부품기술개발사업 등에 선정됐다.

2018년 과학기술정보통신부 국책과제 바이오의료기술개발사업에 선정됐다. 시리즈B 투자로 80억 원을 유치했다.

2019년 이미징 장비 ProView의 1등급 제조허가를 획득했다.

2020년 미국 A제약사와 PPI PathFinder 분석서비스 1차 계약을 체결했다.

2021년 PPI 이미징 장비 Pi-View를 출시했다. 시리즈C 투자로 148억 원을 유치했으며 미국 A제약사와 PPI PathFinder 분석서비스 2차 계약을 체결했다.

2023년 경기 안양공장을 완공했다. 미국 A제약사와 PPI PathFinder GLP 분석서비스 마스터계약을 체결했으며 Pre-IPO 투자로 165억 원을 유치했다. 유럽 R사와 PPI PathFinder 분석서비스 공급계약을 체결했다.

2024년 유럽 S사와 PPI PathFinder 공급계약을 체결했다. 본사 및 기업부설연구소를 서울 구로구로 이전했다. 과학기술정보통신부 국책과제 바이오의료기술개발사업에 선정됐으며 미국 보스턴에 사업개발 사무소를 설립했다.

2025년 코스닥 시장에 상장됐다.

비전과 과제/평가

◆ 비전과 과제
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 프로티나 대표이사가 2025년 7월15일 서울 여의도에서 열린 프로티나 기업공개(IPO) 기자간담회에서 회사 운영계획과 발전방향, 비전에 대해 설명하고 있다. <비즈니스포스트>
윤태영은 단백질 상호작용(PPI) 분석 기술을 기반으로 신약개발의 패러다임을 전환겠다는 비전을 갖고 있다.

2025년 7월15일 서울 여의도에서 열린 프로티나 기업공개 기자간담회에서 “프로티나의 PPI 빅데이터 생성 플랫폼은 PPI 바이오마커 개발부터 항체 신약개발까지 신약개발 전주기에 활용한 가능한 게임체인저 플랫폼이 될 것”이라고 말했다.

자체 개발한 ‘SPID(Single-molecule Protein Interaction Detection)’ 플랫폼을 중심으로 단백질 상호작용 분석 사업을 전개하고 있다.

SPID는 단일 분자 수준에서 단백질 상호작용을 직접 관찰하고 정량화할 수 있어 기존 분석법 대비 높은 민감도와 정밀도로 약물 반응과 바이오마커를 분석할 수 있다. 이를 통해 신약 후보물질 발굴의 효율성을 높이고 맞춤형 치료 전략 수립을 돕는다.

윤태영은 기술 고도화와 글로벌 진출을 동시에 추진하며 프로티나의 성장 기반을 강화하고 있다.

Pi-Chip 생산 공정을 자동화해 생산량을 기존 대비 10배 이상 증대하고 연구·사업개발 인력을 늘려 기술 상용화를 이끈다는 계획을 갖고 있다.

미국 시장 진출 및 진단 서비스 고도화에도 속도를 내고 있다.

프로티나는 공모자금 중 약 32억 원을 실험실표준인증연구실(CLIA lab) 인수 및 운영 비용으로 배정했다. 현지 규제에 부합하는 진단 서비스 인프라를 확보하고 자체 진단 서비스 모델을 통해 안정적인 매출 기반을 확보하려는 것으로 풀이된다.

◆ 평가
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 프로티나 대표이사(왼쪽)가 2024년 10월8일 다안바이오테라퓨틱스와 TCR 치료제 연구개발 등에 관한 협약을 체결한 뒤 기념사진을 찍고 있다. <프로티나>
전기공학자 출신의 물리학과 교수 신분으로 창업했다.

현재는 서울대학교 생명과학부 교수로 재직 중이며 단백질 상호작용(PPI) 분야에서 전문성을 갖췄다는 평가를 받는다.

학계에서 쌓은 연구성과를 현장으로 연결하는 등 강한 실행력을 보여주고 있다.

연구실에서 개발한 단백질 간 상호작용 분석 기술을 기반으로 SPID 플랫폼을 완성했다. SPID는 비정제 시료에서도 단백질 간 상호작용을 정량적으로 분석할 수 있는 프로티나의 독자 기술로 신약 후보물질의 타깃 단백질 검증부터 약물 반응성 평가까지 신약개발 전주기에 활용될 수 있다는 점에서 업계의 주목을 받고 있다.

기술개발과 사업화를 동시에 시행하는 등 추진력도 평가받고 있다.

학문 융합의 전형적 사례로도 평가되며 전기공학, 물리학, 생명과학 등 각각의 학문에서 모두 깊이있는 지식과 기술력을 갖췄다.

연구자이면서 기업가적 감각을 지녔다.

사건사고
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 프로티나 회사 입구 현판 <프로티나>
△한국거래소 투자주의종목으로 지정돼
한국거래소가 2025년 10월14일 프로티나를 투자주의종목으로 지정했다.

투자주의종목은 투기적이거나 불공정거래의 개연성이 있는 종목을 말한다. 한국거래소는 투자자들에게 잠재적 불공정거래 행위자에 대한 경각심을 고취시키기 위해 투자주의종목을 공표하고 있다.

프로티나는 이날 ‘15일간 상승종목의 당일 소수계좌 매수관여 과다종목’으로 지정되면서 투자주의종목이 됐다.

이는 직전일인 2025년 10월13일 프로티나의 종가가 15일 전 종가보다 75% 이상 상승했고 당일 상위 20개 계좌의 매수관여율 합계가 30% 이상임을 의미한다.

실제 프로티나 주가는 2025년 10월13일 5만7500원으로 거래를 마쳤는데 이는 거래일 기준 15일 전인 2025년 9월15일 종가 3만150원 대비 90.7% 높은 수준이다.

또 2025년 10월13일 당일 상위 20개 계좌의 매수관여율은 32.67%에 달했으며 상위 3개 계좌는 외국인 투자자로 각각 2.92%, 2.34%, 2.23%의 매수관여율을 기록했다.

2025년 9월 미국계 금융회사 JP모건의 프로티나 지분 취득 사실이 알려지면서 주가가 급등했다. 이후 JP모건이 보유 지분 중 일부를 매각했으나 글로벌 기관투자자들의 관심을 환기시키며 주가에 긍정적인 영향을 미쳤다.

같은 달 미국 다국적 제약회사와 체결한 12억 원 규모 임상검체 분석 서비스 공급계약도 투자자들의 이목을 집중시키며 주가 상승을 견인했다.

한국거래소는 주가가 일정기간 급등하는 등 투자유의가 필요한 종목을 투자주의종목→투자경고종목→투자위험종목 등 단계별 시장경보종목으로 지정하고 있다. 투자경고·위험종목 단계에서는 매매거래가 정지될 수 있다.

경력/학력/가족
◆ 경력
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 프로티나 대표이사(오른쪽)가 2023년 4월25일 마크로젠과 '멀티오믹스 기반 신약 후보 발굴 및 연구개발 네트워크 협력'에 관한 업무협약을 체결하고 김창훈 마크로젠 대표이사와 기념사진을 찍고 있다. <마크로젠>
2004~2005년 서울대학교 반도체공동연구소 연구원으로 근무했다.

2005~2006년 미국 일리노이주립대학교 물리학과 박사후 연구원으로 일했다.

2006~2007년 미국 일리노이주립대학교 하워즈휴즈의학연구소 박사후 연구원으로 있었다.

2007년 KAIST(한국과학기술원) 물리학 조교수로 임용됐다.

2010년부터 2016년까지 KAIST(한국과학기술원) 물리학 영년직(테뉴어) 부교수로 재직했다.

2011~2020년 한국연구재단 미래창조과학부 창의적연구진흥사업 연구단장을 지냈다.

2014~2018년 삼성미래기술육성재단 기초과학부문 물리분야 연구책임자를 맡았다.

2015년 프로티나를 창업했다.

2016~2017년 연세대학교로 자리를 옮겨 Yonsei-IBS 과학원 교수로 재직했다.

2017년 서울대학교 자연과학대학 생명과학부 교수로 부임했다.

2023년 국가과학기술자문회의 바이오특별위원회 민간위원을 맡았다.

◆ 학력

1998년 서울대학교 공과대학에서 전기전자제어공학을 전공했다.

2000년 서울대학교 대학원에서 전기공학부에서 석사학위를 받았다.

2004년 서울대학교 대학원에서 전기·컴퓨터공학부에서 박사학위를 받았다.

◆ 가족관계

아버지는 윤용웅씨, 어머니는 유은선씨다. 동생은 윤소영씨다.

김여정씨와 혼인했다.

◆ 상훈

◆ 기타

2025년 상반기 프로티나는 윤태영을 포함한 7명의 등기이사에게 총 3억5340만 원의 보수를 지급했다. 1인당 상반기 평균보수액은 5068만 원이다.

윤태영은 2025년 6월30일 기준 프로티나 주식 195만9150주(21.20%)를 들고 있다. 이는 2025년 10월28일 종가(5만3500원) 기준 1048억1452만 원의 가치를 가진다.

논문 ‘개선된 혼합 모드 이론을 통한 콜레스테릭 액정에 수직 입사한 빛의 전파에 관한 해석’으로 2000년 서울대학교 대학원 전기공학부에서 석사학위를 받았다.

논문 ‘Control of supramolecular orderings in patterned surface microstructures for liquid crystal displays and artificial lipid rafts(표면미세구조 패턴에 의한 초분자질서 제어의 액정 디스플레이와 지질말 래프트 구조에의 응용)’으로 2004년 서울대학교 대학원 전기·컴퓨터공학부에서 박사학위를 받았다.

어록
[Who Is ?] 윤태영 프로티나 대표이사 
▲ 윤태영 프로티나 대표이사(왼쪽 두 번째)가 2022년 12월2일 제54회 한국바이오협회 회원사 CEO 주간 교류에서 김나영 프로티나 이사(맨 왼쪽), 이승규 한국바이오협회 부회장(맨 오른쪽), 주상은 메디라마 부사장과 기념사진을 찍고 있다. <한국바이오협회>
“기존 신약 개발사가 한두 개 파이프라인(후보물질)에 회사의 명운을 걸었다면 프로티나는 데이터 사이언스를 통해 블록버스터 의약품의 바이오베터(오리지널 바이오의약품의 효능과 부작용을 개선한 제품) 후보물질을 훨씬 빠르게 도출하고 있다.”

“임상 샘플 분석 단가는 현재 1건당 5천 달러이며 한 명의 환자에게서 여러 개의 샘플이 나오는 만큼 총 계약 규모는 50만 달러에서 한 100만 달러 정도 수준이다. 단발성으로 계약이 끝나는 것이 아니라 파일럿 스터디부터 임상 단계 진행됨에 따라 계약이 반복적으로 이루어지고 계약의 규모가 점차 확대된다.”

“1차 후보물질 도출 후 제약사들이 많아야 50번 정도 항체 서열(CDR)을 바꿔가며 최종 후보물질을 도출했다면 프로티나는 데이터 사이언스를 기반으로 수천 개의 조합을 고속 분석해 최적의 항체를 3~4개월마다 하나씩 도출할 수 있다.”

“개념증명에서 3개월 만에 휴미라의 바이오베터 후보물질 9개를 도출했고 그 중 가장 효과가 뛰어난 2개 후보 물질은 동물 모델 실험에서 휴미라 대비 20분의 1에서 100분의 1 수준 농도에서도 동등하거나 더 우수한 치료효과를 확인했다.”

“위고비나 삭센다 등 비만 치료용 펩타이드 의약품에서도 가능성을 확인했다. 항체뿐 아니라 펩타이드 기반 약물도 바이오베터로 개발해 기술수출을 추진하고 있다.” (2025/07/15, 서울 여의도에서 열린 프로티나 기업공개 기자간담회에서)

“빠르면 2026년, 늦어도 2027년에는 손익분기점을 달성할 것으로 예상한다. 다국적 제약사, 바이오베터 개발기업, AI 신약개발 기업, 연구기관 등이 모두 고객사다. 현재까지는 검진에서 발생하는 매출이 가장 크다. 미국 클리아랩 인수로 박차를 가하겠다.”

“미국 애브비가 개발한 혈액암 치료제 베네토클락스(Venetoclax)라는 1세대 BCL2 PPI 저해제가 있다. 전세계적으로 4조 원 규모로 처방되는 약이지만 진단 바이오마커 없이 FDA 허가를 받아 환자마다 약효를 볼 확률은 50%에 그친다.”

“프로티나는 PPI 분석 기술로 처방대상 환자를 선별하는 동반진단(CDx) 제품을 개발했고 2024년 미국혈액암학회에서 발표했다. 2025년 하반기 중 샌디에이고 소재 클리아랩을 인수하고 2026년 하반기에는 미국 보험 코드를 확보해 진단 서비스 매출을 본격 발생시키겠다.”

“남들이 하니까 덜컥 하는게 아니다. 논문도 냈고 미국 학계에서 공신력을 쌓았고 현지 키 오피니언 리더(KOL)들에게서 우리의 동반진단이 잘 가동하는 것을 확인했다. CDx 제품을 잘 만든 다음 클리아랩에 이식하는 것이기 때문에 할 수 있는 준비를 모두 마친 상태다.”

“프로티나는 자동화를 통해 적은 인력으로 짧은 시간내 다량의 데이터를 확보할 수 있다. 클리아랩 또한 노동집약적이지 않게 우리 쪽 과학자 한두명을 파견하고 현지 과학자 한두명을 채용해 운영할 것이다.”

“프로티나의 칩(chip)은 안양에 소재한 GMP 규격 공장에서 대량생산하고 있다. 칩의 표면에 고분자를 아주 고르게 깔아서 비정제 샘플을 넣더라도 원하는 단백질만 캡처해 볼 수 있는 점이 경쟁력이다. 전통적인 웨스턴 블랏(western blot) 방식으로는 숙련된 박사들이 하루에 걸려서 10개의 샘플을 분석하는데 프로티나 칩을 이용하면 384개의 샘플을 100분 안에 완료할 수 있다.”

“PPI 랜드스케이프를 이용하면 4주 만에 약의 개량이 가능하다. 항체 서열 중엔 건드리면 항원 결합력이 저해되는 영역이 있고 반대로 개량성이 높은 구간이 있다. 후자를 공략하면 기존 약의 특허를 피해갈 수 있고 약효도 좋아진다.”

“휴미라(아달리무맙)을 대상으로 실험해 봤을 때 열적 안정성을 보존하는 9종을 찾는데 성공했고 3개월 만에 위탁연구기관(CRO)를 통해서 생산이 잘 되는 것을 확인했다. 세포실험이지만 오리지널 휴미라와 비교해 결합력이 7배~10배 좋았다. 주사양이 적어도 되고 주사간격이 길다는 특징이 있다. 미국은 산업이 얽혀 있어 침투가 어려울지 모르나 아시아나 유럽에서는 선전할 것으로 예상한다.”

“앞서 나온 구글 알파폴드의 경우 단백질에서 진화적으로 변하지 않는 부분에 대한 예측은 잘 한다. 다만 가변적으로 변화하는 룹(Loop) 영역은 AI 설계가 어렵다. AI 단백질 신약개발이 진화하려면 해당 부분만 전문적으로 염기서열을 바꿔가면서 항체와 항원의 결합을 확인한 빅데이터가 있어야 한다. 프로티나의 SPID 플랫폼은 이를 가능케 한다.”

“프로티나 기판의 각 웰마다 세포가 자라고 룹 영역만 바꿔서 로봇이 미량의 DNA를 쏴주면 이틀 경과 후 세포가 세포배양액에 항체를 배출하게 된다. 이를 로봇이 빨아들여서 이미징 칩에 직접 주입한다. 이때 룹 영역을 특정하게 만든 항체들만 선택적으로 칩 표면에 붙는다. 항원을 넣어서 재구성을 하고 적색, 녹색의 형광신호로 한 지점마다 파장을 바꿔 두번 찍는다. 이 방식으로 항원-항체 결합력을 정량적으로 구할 수 있다. 자동화된 로봇, 3명의 과학자로 1주일마다 5000개의 서로 다른 항체를 만들어 항원과 붙여보는 데이터를 만들고 있다. 이는 삼성에서 투자한 미국 제너레이트바이오메디슨(Generate Biomedicine)보다 적은 리소스로 많은 데이터를 내는 것이다.” (2025/05/20, 이데일리 인터뷰에서)

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